Software
QSPRpred
QSPRpred je open-source knihovna v Pythonu určená k vytváření, trénování a nasazování modelů QSPR/QSAR (vztahů mezi chemickou strukturou a vlastnostmi či aktivitou látek). Byla vyvinuta ve spolupráci se skupinou pro počítačový vývoj léčiv na Univerzitě v Leidenu a usnadňuje pracovní postupy strojového učení automatizací přípravy dat, výpočtu molekulárních deskriptorů a ukládání modelů různých typů.
GenUI
GenUI je webová platforma a REST API rozhraní navržené pro správu a vizualizaci procesů v generativní chemii, QSAR modelování a prozkoumávání chemického prostoru. Jedná se o pokus o snadnější propojení uživatelů s algoritmy generování molekul pomocí uživatelského rozhraní.
DrugEx
DrugEx (Drug Explorer) je balíček využívající hluboké učení a vícekritériového reinforcment learningu pro návrh nových molekul léčiv (de novo design) za pomoci architektur jako rekurentní neuronové sítě a transformery. Umožňuje vědcům generovat zcela nové struktury molekul optimalizované pro konkrétní biologickou aktivitu a požadované fyzikálně-chemické vlastnosti.
Molpher & molpher-lib
Chemický prostor je množina všech možných stabilních organických sloučenin. Jeho velikost je enormní, např. počet sloučenin s molekulovou hmotností menší než 500 Da se odhaduje na 1060. Naprosto drtivá většina těchto struktur však nebyla dosud ani navržena, natož pak syntetizována a charakterizována. Proto jsme vyvinuli metodu molekulárního morfingu [Hoksza D. et al. Journal of Cheminformatics 6 : 7 2014. DOI: 10.1186/1758-2946-6-7], která slouží ke generování virtuálních struktur mezi dvěma danými sloučeninami. Tato metoda je naimplementována ve volně dostupném programu Molpher a je též dostupná z programovacího jazyka Python pomocí knihovny molpher-lib.