stdClass Object
(
[nazev] => Ústav informatiky a chemie
[adresa_url] =>
[api_hash] =>
[seo_desc] =>
[jazyk] =>
[jednojazycny] =>
[barva] =>
[indexace] => 1
[obrazek] =>
[ga_force] =>
[cookie_force] =>
[secureredirect] =>
[google_verification] => UOa3DCAUaJJ2C3MuUhI9eR1T9ZNzenZfHPQN4wupOE8
[ga_account] => UA-10822215-6
[ga_domain] =>
[ga4_account] => G-VKDBFLKL51
[gtm_id] =>
[gt_code] =>
[kontrola_pred] =>
[omezeni] =>
[pozadi1] =>
[pozadi2] =>
[pozadi3] =>
[pozadi4] =>
[pozadi5] =>
[robots] =>
[htmlheaders] =>
[newurl_domain] => 'uich.vscht.cz'
[newurl_jazyk] => 'cs'
[newurl_akce] => '[cs]'
[newurl_iduzel] =>
[newurl_path] => 8548/43413/28159
[newurl_path_link] => Odkaz na newurlCMS
[iduzel] => 28159
[platne_od] => 31.10.2023 17:04:00
[zmeneno_cas] => 31.10.2023 17:04:23.915555
[zmeneno_uzivatel_jmeno] => Jan Kříž
[canonical_url] =>
[idvazba] => 47447
[cms_time] => 1713988192
[skupina_www] => Array
(
)
[slovnik] => stdClass Object
(
[logo_href] => /
[logo] => 
[logo_mobile_href] => /
[logo_mobile] =>
[google_search] => 001523547858480163194:u-cbn29rzve
[social_fb_odkaz] => https://cs-cz.facebook.com/studuj.bioinformatiku/
[social_tw_odkaz] =>
[social_yt_odkaz] =>
[intranet_odkaz] => //intranet.vscht.cz/
[intranet_text] => Intranet
[mobile_over_nadpis_menu] => Menu
[mobile_over_nadpis_search] => Hledání
[mobile_over_nadpis_jazyky] => Jazyky
[mobile_over_nadpis_login] => Přihlášení
[menu_home] => Domovská stránka
[paticka_mapa_odkaz] => /kontakt
[paticka_budova_a_nadpis] => BUDOVA A
[paticka_budova_a_popis] => Rektor, oddělení komunikace, centrum informačních služeb
[paticka_budova_b_nadpis] => BUDOVA B
[paticka_budova_b_popis] => Děkanáty fakult: FCHT, FTOP, FPBT, FCHI,
pedagogické oddělení, výpočetní centrum, zahraniční oddělení, kvestor
[paticka_budova_c_nadpis] => BUDOVA C
[paticka_budova_c_popis] => Dětský koutek Zkumavka, praktický lékař, Ústav matematiky
[paticka_budova_1_nadpis] => NÁRODNÍ TECHNICKÁ KNIHOVNA
[paticka_budova_1_popis] =>
[paticka_budova_2_nadpis] => STUDENTSKÁ KAVÁRNA CARBON
[paticka_budova_2_popis] =>
[paticka_adresa] => VŠCHT Praha
Technická 5
166 28 Praha 6 – Dejvice
IČ: 60461373
DIČ: CZ60461373
Datová schránka: sp4j9ch
Copyright VŠCHT Praha
Za informace odpovídá Oddělení komunikace, technický správce Výpočetní centrum
[paticka_odkaz_mail] => mailto:lich@vscht.cz
[zobraz_desktop_verzi] => Zobrazit plnou verzi
[social_fb_title] => Facebook Bioinformatika
[social_tw_title] =>
[social_yt_title] =>
[aktualizovano] => Aktualizováno
[autor] => Autor
[drobecky] => Nacházíte se: VŠCHT Praha – FCHT – LICH
[preloader] => Prosím počkejte chvíli...
[more_info] =>
[zobraz_mobilni_verzi] =>
[nepodporovany_prohlizec] =>
[social_in_odkaz] =>
[hledani_nadpis] => hledání
[hledani_nenalezeno] => Nenalezeno...
[hledani_vyhledat_google] => vyhledat pomocí Google
[social_li_odkaz] =>
)
[poduzel] => stdClass Object
(
[28161] => stdClass Object
(
[obsah] =>
[poduzel] => stdClass Object
(
[28167] => stdClass Object
(
[obsah] =>
[iduzel] => 28167
[canonical_url] => //lich.vscht.cz
[skupina_www] => Array
(
)
[url] =>
[sablona] => stdClass Object
(
[class] =>
[html] =>
[css] =>
[js] =>
[autonomni] =>
)
)
[28165] => stdClass Object
(
[obsah] =>
[iduzel] => 28165
[canonical_url] => //lich.vscht.cz
[skupina_www] => Array
(
)
[url] =>
[sablona] => stdClass Object
(
[class] =>
[html] =>
[css] =>
[js] =>
[autonomni] =>
)
)
[28166] => stdClass Object
(
[obsah] =>
[iduzel] => 28166
[canonical_url] => //lich.vscht.cz
[skupina_www] => Array
(
)
[url] =>
[sablona] => stdClass Object
(
[class] =>
[html] =>
[css] =>
[js] =>
[autonomni] =>
)
)
)
[iduzel] => 28161
[canonical_url] =>
[skupina_www] => Array
(
)
[url] =>
[sablona] => stdClass Object
(
[class] =>
[html] =>
[css] =>
[js] =>
[autonomni] =>
)
)
[28162] => stdClass Object
(
[obsah] =>
[poduzel] => stdClass Object
(
[28301] => stdClass Object
(
[nazev] => Cheminformatika
[seo_title] => Cheminformatika
[seo_desc] =>
[autor] =>
[autor_email] =>
[obsah] =>
Vedoucí skupiny
prof. Mgr. Daniel Svozil, Ph.D. e 220 442 244 d B1320
Členové týmuVýzkumní pracovníci Ph.D. studenti PublikaceSoftware |
Cheminformatika se zabývá použitím výpočetních technik pro pochopení vztahů mezi biologickou aktivitou a strukturou organické sloučeniny. Cheminformatika je mezioborová disciplína kloubící dohromady chemii, statistiku, informatiku a molekulární biologii.
V naší skupině se zabýváme návrhem a analýzou struktur organických sloučenin za účelem nalezení látek vykazujících definovaný biologický efekt. Úzce spolupracujeme s Oddělením buněčné diferenciace Dr. P. Bartůňka z Ústavu molekulární genetiky AV ČR. V rámci této spolupráce se zabýváme výzkumem úlohy jaderných receptorů s cílem prohloubit naše znalosti o příčinách vzniku nádorových onemocnění a o možnostech jejich prevence a léčby.
Oddělení buněčné diferenciace provozuje Národní infrastrukturu chemické biologie CZ-OPENSCREEN, která je národním uzlem evropské infrastruktury EU-OPENSCREEN. Naše skupina je, jako jeden ze členů této infrastruktury, zodpovědná za oblast cheminformatiky a analýzy dat. Zapojení v infrastruktuře chemické biologie nám zajištuje přístup k zajímavým evropským projektům a trvalý zdroj financování našich výzkumných aktivit. |
Od akademického roku 2014/2015 provozujeme bakalářský a magisterský program "Bioinformatika". V akademickém roce 2019/2020 pak k nabídce přibyl též stejnojmenný doktorský program. Abychom studentům nabídli co nejkvalitnější vzdělání, spojili jsme se při zajišťování oboru s našimi kolegy z dalších akademických pracovišť.
- Předměty přírodovědného základu jsou vyučovány zde na VŠCHT.
- Informatiku zajišťuje FIT ČVUT.
- Specializované bioinformatické přednášky v magisterském studiu zajišťují bioinformatické laboratoře působící na ÚMG a ÚOCHB AV ČR.
Přednášející z těchto pracovišť též vypisují bakalářské, diplomové a dizertační práce, což nám umožňuje nabízet témata z mnoha různých oblastí. Řešené práce pokrývají především problematiku z
- bioinformatiky
- systémové biologie
- cheminformatiky
- počítačového návrhu léčiv
- molekulového modelování biologických systémů
Vedoucí skupiny
doc. Ing. Filip Lankaš, Ph.D. e 220 444 392 d Z12b
Členové týmu
Mgr. Tomáš Dršata, Ph.D. Ing. Hana Dohnalová Ing. Eva Matoušková Bc. Martina Zoubková Oleksandra Shumilina
Hledáme nové kolegy na všech stupních studia.
Publikace
Výuka |
Naše výzkumná skupina se zaměřuje na teorii a počítačové modelování struktury, dynamiky a mechanických vlastností nukleových kyselin. Molekuly DNA a RNA modelujeme na různých délkových a časových škálách, parametry modelů pak stanovujeme z dat získaných rozsáhlými simulacemi molekulové dynamiky. Výsledky aplikujeme na problémy z oblasti molekulární biologie, biofyziky a návrhu umělých molekulárních nanostruktur. Skupina disponuje výpočetní kapacitou pro rozsáhlé simulace i zpracování dat. Jsme rovněž zapojeni do společných projektů s českými a zahraničními vědeckými pracovišti.
Zabýváme se dvěma okruhy témat.
Sekvenčné závislá struktura a elasticita DNA. Detailní prostorová struktura a mechanická tuhost (elasticita, flexibilita) dvoušroubovice DNA závisí na sekvenci bazí, jimiž je tvořena. Tuto vlastnost využívají mnohé proteiny (např. transkripční faktory) pro sekvenčně specifickou vazbu k DNA - protein se preferenčně váže k takové sekvenci, jejích prostorová konfigurace a flexibilita jsou příznivé pro tvorbu komplexu. Naším cílem je vyvinout spolehlivé modely, které přiřadí dané sekvenci její tvar a flexibilitu. Tuto informaci lze pak využít pro predikci prostorové struktury genomu, vazebných míst proteinů a malých molekul i v procesu návrhu nanostruktur DNA. Samostatný výzam má pak stanovení vlastností DNA poškozené následkem UV záření.
Dynamika a mechanické vlastnosti strukturních motivů RNA. Molekuly RNA jsou strukturně velmi bohaté - kromě dvoušroubovice se sbalují do různých nehelikálních strukturních motivů, které příroda opakovaně využívá. Např. v ribosomu, makromolekulárním komplexu syntetizujícím proteiny, funkčně spolupracují rigidní i flexibilní motivy. Tyto motivy tvoří také stavební prvky umělých nanostruktur, jejichž návrh i aplikace se v současnosti prudce rozvíjejí. Výhodou nanostruktur RNA je možnost jejich syntézy přímo v buňce, bez nutnosti přechodu přes buněčnou membránu. Našim cílem je vyvinout vhodné modely a stanovit jejich parametry tak, abychom popsali strukturní dynamiku a mechanické vlastnosti důležitých motivů. To přispěje jednak k pochopení biologické funkce jejich komplexů, jako je ribosom, jednak k racionalizaci návrhu nanostruktur RNA.
|
Nemáte přístup k obsahu stránky.
Zkontrolujte, zda jste v síti VŠCHT Praha, nebo se přihlaste (v pravém horním rohu stránek).
[urlnadstranka] => [iduzel] => 10947 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /[error403] [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka_ikona [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [1485] => stdClass Object ( [nazev] => Stránka nenalezena [seo_title] => Stránka nenalezena (chyba 404) [seo_desc] => Chyba 404 [autor] => [autor_email] => [obsah] =>Chyba 404
Požadovaná stránka se na webu (již) nenachází. Kontaktuje prosím webmastera a upozorněte jej na chybu.
Pokud jste změnili jazyk stránek, je možné, že požadovaná stránka v překladu neexistuje. Pro pokračování prosím klikněte na home.
Děkujeme!
[urlnadstranka] => [ogobrazek] => [pozadi] => [iduzel] => 1485 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /[error404] [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [28175] => stdClass Object ( [nazev] => O ústavu [seo_title] => Úvod [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] =>V roce 2002 byla na VŠCHT Praha založena, iniciativou Dr. Miloslava Niče, Laboratoř informatiky a chemie. Zpočátku se Laboratoř soustředila na odborné elektronické publikování v oblasti chemie a garantovala studijní obor “Informatika a chemie”. V září 2010 došlo ke změně na pozici vedoucího, kdy Dr. M. Niče vystřídal doc. Daniel Svozil. S jeho příchodem se zaměření laboratoře změnilo a nyní se pracoviště zabývá výzkumem v oborech bioinformatika, cheminformatika, počítačový návrh léčiv a molekulové modelování. To se odrazilo i v akreditaci Bc. a Mgr. programu “Bioinformatika”, který je na VŠCHT vyučován od akademického roku 2014/2015. V listopadu 2017 byla Laboratoř transformována na Ústav informatiky a chemie. V roce 2019/2020 pak byla zahájena výuka v doktorském studijním programu "Bioinformatika".
[urlnadstranka] => [ogobrazek] => [pozadi] => [iduzel] => 28175 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /home [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [28291] => stdClass Object ( [nazev] => [seo_title] => Lidé [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] =>Akademičtí pracovníci
 |
vedoucí ústavu |
b daniel.svozil at vscht.cz | e 220 442 244 | d B1320 |
 |
tajemník ústavu |
b petr.cech at vscht.cz | e 220 443 366 | d B1319 |
 |
PZVT |
b jiri.znamenacek at vscht.cz | e 220 442 041 | d B1316 |
 |
referent BOZP |
b filip.lankas at vscht.cz | e 220 442 074 | d B1318 |
 |
Ing. Ivan Čmelo, Ph.D. | b ivan.cmelo at vscht.cz | e 220 444 379 | d B1318 |
 |
Ing. Jiří Jirát, Ph.D. | b jiri.jirat at vscht.cz | e 220 444 393 | d A320B |
| Mgr. Michal Kolář, Ph.D. | b michal.kolar at vscht.cz | e 220 442 080 | d B1314 | |
| Mgr. Mariia Matveieva, Ph.D. | b mariia.matveieva at vscht.cz | e 220 442 075 | d B1317 | |
| Mgr. Jan Pačes, Ph.D. | b jan.paces at vscht.cz | e 220 442 080 | d B1314 | |
 |
Ing. Martin Šícho, Ph.D. | b martin.sicho at vscht.cz | ||
 |
Ing. Milan Voršilák, Ph.D. | b milan.vorsilak at vscht.cz |
Ph.D. studenti
 |
M.Sc. Isabel Agea | b Maria.Isabel.Agea.Lorente at vscht.cz | ||
| Ing. Kamila Clarová | b kamila.clarova at vscht.cz | e 220 442 081 | d B1317 | |
 |
M.Sc. Wim Dehaen | b wim.dehaen at vscht.cz | e 220 442 014 | d B1316 |
 |
Ing. Hana Dohnalová | b hana.dohnalova at vscht.cz | e 220 442 014 | d B1316 |
| Ing. Valeriia Fil | b valeriia.fil at vscht.cz | e 220 442 014 | d B1316 | |
| Ing. Eva Matoušková | b eva.matouskova at vscht.cz | e 220 442 014 | d B1316 | |
| Ing. František Pešina | b frantisek.pesina at vscht.cz | e 220 442 014 | d B1316 | |
| Ing. David Příhoda | b david.prihoda at vscht.cz | e 220 442 014 | d B1316 |
DATA
stdClass Object
(
[nazev] => Biomolekulární modelování
[seo_title] => Biomolekulární modelování
[seo_desc] =>
[autor] =>
[autor_email] =>
[obsah] =>
Vedoucí skupiny
doc. Ing. Filip Lankaš, Ph.D. e 220 444 392 d Z12b
Členové týmu
Mgr. Tomáš Dršata, Ph.D. Ing. Hana Dohnalová Ing. Eva Matoušková Bc. Martina Zoubková Oleksandra Shumilina
Hledáme nové kolegy na všech stupních studia.
Publikace
Výuka |
Naše výzkumná skupina se zaměřuje na teorii a počítačové modelování struktury, dynamiky a mechanických vlastností nukleových kyselin. Molekuly DNA a RNA modelujeme na různých délkových a časových škálách, parametry modelů pak stanovujeme z dat získaných rozsáhlými simulacemi molekulové dynamiky. Výsledky aplikujeme na problémy z oblasti molekulární biologie, biofyziky a návrhu umělých molekulárních nanostruktur. Skupina disponuje výpočetní kapacitou pro rozsáhlé simulace i zpracování dat. Jsme rovněž zapojeni do společných projektů s českými a zahraničními vědeckými pracovišti.
Zabýváme se dvěma okruhy témat.
Sekvenčné závislá struktura a elasticita DNA. Detailní prostorová struktura a mechanická tuhost (elasticita, flexibilita) dvoušroubovice DNA závisí na sekvenci bazí, jimiž je tvořena. Tuto vlastnost využívají mnohé proteiny (např. transkripční faktory) pro sekvenčně specifickou vazbu k DNA - protein se preferenčně váže k takové sekvenci, jejích prostorová konfigurace a flexibilita jsou příznivé pro tvorbu komplexu. Naším cílem je vyvinout spolehlivé modely, které přiřadí dané sekvenci její tvar a flexibilitu. Tuto informaci lze pak využít pro predikci prostorové struktury genomu, vazebných míst proteinů a malých molekul i v procesu návrhu nanostruktur DNA. Samostatný výzam má pak stanovení vlastností DNA poškozené následkem UV záření.
Dynamika a mechanické vlastnosti strukturních motivů RNA. Molekuly RNA jsou strukturně velmi bohaté - kromě dvoušroubovice se sbalují do různých nehelikálních strukturních motivů, které příroda opakovaně využívá. Např. v ribosomu, makromolekulárním komplexu syntetizujícím proteiny, funkčně spolupracují rigidní i flexibilní motivy. Tyto motivy tvoří také stavební prvky umělých nanostruktur, jejichž návrh i aplikace se v současnosti prudce rozvíjejí. Výhodou nanostruktur RNA je možnost jejich syntézy přímo v buňce, bez nutnosti přechodu přes buněčnou membránu. Našim cílem je vyvinout vhodné modely a stanovit jejich parametry tak, abychom popsali strukturní dynamiku a mechanické vlastnosti důležitých motivů. To přispěje jednak k pochopení biologické funkce jejich komplexů, jako je ribosom, jednak k racionalizaci návrhu nanostruktur RNA.
|
2023
61. E. Matoušková, M. Růžička, K. Réblová, F. Lankaš (2023): Mechanical properties of DNA double-crossover motif. Published as preprint on bioRxiv, https://biorxiv.org/cgi/content/short/2023.02.28.530469v1
2022
60. E. Matoušková, T. Dršata, L. Pfeifferová, J. Šponer, K. Réblová, F. Lankaš (2021): RNA kink-turns are highly anisotropic with respect to lateral displacement of the flanking stems. Biophys. J., 121, 705-714, https://doi.org/10.1016/j.bpj.2022.01.025
2021
59. H. Dohnalová, F. Lankaš (2021): Deciphering the mechanical properties of B-DNA duplex. WIRES Comput. Mol. Sci., e1575, https://doi.org/10.1002/wcms.1575
2020
58. E. Matoušková, E. Bignon, V. Claerbout, T. Dršata, N. Gillet, A. Monari, E. Dumont, F. Lankaš (2020): Impact of the nucleosome histone core on the structure and dynamics of DNA containing pyrimidine-pyrimidone (6-4) photoproduct. J. Chem. Theory Comput., 16, 5972-5981, https://doi.org/10.1021/acs.jctc.0c00593
57. H. Dohnalová, T. Dršata, J. Šponer, M. Zacharias, J. Lipfert, F. Lankaš (2020): Compensatory Mechanisms in Temperature Dependence of DNA Double Helical Structure: Bending and Elongation. J. Chem. Theory Comput. 16, 2857–2863, https://doi.org/10.1021/acs.jctc.0c00037
56. F. Lankaš (2020): Simple, But Not Too Simple: Modeling the Dynamics of DNA and RNA Buckling. Biophys. J. 118, 1514-1516, https://doi.org/10.1016/j.bpj.2020.02.021